La impecable organización y el limpio desarrollo de las disciplinas de los Juegos de Múnich, pasaron a último plano después del ataque de la organización palestina Septiembre Negro, que asesinó a nueve atletas israelíes y un policía alemán.
La noche del 5 de septiembre, los terroristas asaltaron la villa olímpica matando a dos atletas y tomando como rehenes a otros once. Exigían la liberación de otros terroristas que permanecían encarcelados y el traslado hacia el Cairo. Fingiendo un acuerdo, la policía alemana los condujo a una pista de aterrizaje de la ciudad de Fürstenfeldbruck, en donde abrieron fuego con francotiradores. La balacera terminó con siete atletas, un policía y
cinco terroristas muertos.
En lo deportivo, Mark Spitz arrasa en la natación, ganando siete medallas de oro en las siete disciplinas en las que participó. Los Juegos de Múnich también estrenaron adelantos técnicos, como la ordenación mediante computadoras de los cronometrajes en las pruebas, y la tradición de diseñar una mascota para cada edición de los Juegos Olímpicos.